IMU-MIC - Intelligences des mondes urbains et risques sanitaires : cas des expositions aux agents infectieux véhiculés par l’eau de pluie (2012)

 

 

Claire Bernardin soutiendra sa thèse intitulée « Effet d’un bassin de rétention des eaux pluviales en milieu urbain sur la diversité et la dangerosité de bactéries pathogènes opportunistes » le 6 février 2017 à la faculté de Pharmacie de Lyon  sur le domaine de Rockefeller à partir de 9h (8 avenue Rockefeller, 69008 Lyon – Salle 19).

IMU MIC

DESCRIPTIF SCIENTIFIQUE :

Objectifs :

Le projet IMU-MIC s’intéresse aux bactéries pathogènes de l’homme retrouvées au sein de bassins de rétention (BR) des eaux pluviales, en milieu urbain, en développant des approches interdisciplinaires permettant d’inférer les pratiques sociales et forces environnementales favorisant la dissémination de ces bactéries en période de temps de pluie.

Les objectifs du projet sont :

La mise en place d’un groupe de travail multidisciplinaire ayant une expertise sur les pratiques sociales à l’encontre des objets urbains, la gestion des eaux pluviales, l’écologie agents infectieux et les approches informatiques de «data mining ».

L’étude de l’incidence des BR et des polluants qu’ils renferment sur la charge en micro-organismes pathogènes retrouvés en ville, et l’analyse de leur importance dans le cycle épidémiologique de certaines espèces.

 

Méthodologie utilisée :

Problématique : « Eaux pluviales et rétention des bactéries pathogènes » :

IMU-MIC étudie l’écologie de bactéries pathogènes de l’homme au sein d’un bassin de rétention (BR) des eaux pluviales. Ces études requièrent le développement d’approches interdisciplinaires permettant de repositionner les phénomènes de structuration spatiale de ces populations de micro-organismes dans un BR en fonction de leurs sources au sein d’un bassin-versant industriel, des activités favorisant leur transfert via les eaux de ruissellement, et les facteurs physiques et chimiques contribuant à leur dissémination voire leur croissance. Le site d’étude est le bassin de rétention à ciel ouvert Django Reinhardt (Chassieu) recueillant les eaux issues d’un bassin versant industriel de 185 ha. Les paramètres chimiques (débit, turbidité, température, conductivité, pH etc.), et concentrations microbiennes (e. g. culture de bactéries pathogènes opportunistes, et quantification par approches moléculaires) sont mesurés à chaque campagne de prélèvements.

 

Résultats attendus :

Les contours du microbiote d’un bassin de rétention

Des profilages taxonomiques des espèces bactériennes présentes dans le BR ont été effectués par métagénomique « rrs » (gène de l’ARNr 16S) sur sédiments collectés en 2010 et 2012. Les espèces bactériennes dominantes, persistantes et potentiellement pathogènes à suivre en termes de dynamiques spatio-temporelles ont ainsi pu être définies. Ces bactéries incluent les indicateurs classiques de la contamination fécale et les espèces Pseudomonas aeruginosa, Aeromonas caviae et Nocardia cyriacigeorgica. Le BR ayant fait l’objet d’un curage et nettoyage entre janvier et septembre 2013, des prélèvements et extractions d’ADN ont également été réalisés en octobre 2013 et février 2014, pour ainsi permettre la comparaison des résultats précédents avec le microbiote de sédiments accumulés sur une période plus courte (6 mois).

Dynamiques spatio-temporelles des espèces bactériennes dominantes et pathogènes

Pour étudier les dynamiques spatio-temporelles de certaines espèces bactériennes, des prélèvements ont été effectués à partir de cinq zones du BR représentatives des dynamiques de dépôt et remobilisation des sédiments en période de pluie. Les résultats obtenus indiquent que l’ensemble des bactéries recherchées sont présentes dans le BR à des teneurs élevées, après 6 mois d’accumulation de sédiments, mais leur persistance dans le BR semble variable selon les espèces recherchées. L’entrée des bactéries dans le BR semble se faire essentiellement par l’eau de ruissellement (validée par l’analyse de ces eaux) et leur transport, en lien avec l’hydrodynamisme du BR, semble associé aux particules. L’étude des relations entre données chimiques (HAP, pesticides etc.), pratiques urbaines et répartition des bactéries pathogènes sont en cours.

 

RAPPORT FINAL

PRESENTATION PPT : PPT IMU 24 - IMU MIC